1818. július 1-jén született Budán, abban a tabáni házban, amely ma a nevét viselő Semmelweis Orvostörténeti Múzeumnak ad otthont. 1837-ben - apja kívánságára - iratkozott be a bécsi egyetem jogi karára. Egy év múlva már az orvosi karra járt, ugyanis be-belátogatott egyik barátja anatómiaóráira, és annyira magával ragadták a látottak-hallottak, hogy "szakmát váltott". Növénytani értekezéssel doktorált, de szülészmesteri oklevelet is szerzett, s rendszeresen részt vett boncolásokon is. 1846-ban ideiglenes, majd később végleges tanársegédnek nevezték ki Klein professzor bécsi szülészeti klinikáján, ahol szinte naponta szembesült a gyermekágyi lázban meghalt fiatal anyák tragédiáival. Feltűnt neki, hogy az otthon szülő anyák között sokkal kevesebb az áldozat, holott professzorok helyett képzetlen szülésznők, bábák vezették le a szülést. Ekkoriban halt meg egy kollégája, aki boncolás közben megsértette a kezét, és fertőzést kapott. Semmelweisnek a boncolási jegyzőkönyvet olvasva feltűnt, hogy az teljes mértékben egybevág a gyermekágyi lázban meghalt anyák leleteivel. Nem a vérmérgezés tényének felismerése volt a nagy teljesítmény, hanem annak megértése, hogy a boncnok kezén ott van a fertőző anyag, csak seb kell hozzá, hogy a vérpályába jusson. Semmelweis volt az első, aki észrevette: a gyermekágyi láz nem önálló kór, hanem fertőzés következménye, és a fertőzést az orvos keze terjeszti. Ezért a hozzá beosztott orvosoknak azt javasolta, majd arra kényszerítette őket, hogy mielőtt a szülő nőhöz érnének, erős fertőtlenítő szerekkel (klóros vízzel)mossanak kezet. Ezzel nagyon sok ellenséget szerzett magának kollégái között, akik büszkék voltak kezük "kórházi szagára", és mélységesen sértette őket a feltételezés, hogy ők okoznák a betegek halálát. Amikor kitört az 1848-as forradalom, a bécsi orvosok a nemzeti érzésre apellálva megszabadultak kényelmetlen magyar kollégájuktól, akinek Pestre kellett költöznie. Távozásával megszűnt a kényelmetlen kézmosás, ugyanakkor ismét rekordmagasságba szöktek a gyermekágyi lázzal összefüggő halálozások. 1851-ben a Rókus Kórház főorvosának, majd 1855. július 18-án a szülészet és nőgyógyászat professzorának nevezték ki a Pesti Tudományegyetemen. A vezetése alatt álló intézményben a gyermekágyi láznak szinte nyoma sem maradt. 1858-ban A gyermekágyi láz kóroktana címmel hosszabb cikksorozatot közölt az Orvosi Hetilapban. 1860-ban (bár a címlapon 1861 szerepel) Bécsben adták ki német nyelven A gyermekágyi láz kóroktana, fogalma és megelőzése című művét, de még a legkiválóbb orvostanárok közül is csak kevesen fogadták el elveit, ezért 1862-ben százoldalas, nyomtatott nyílt levélben fordult a szülészorvosokhoz. Utolsó éveiben súlyos idegrendszeri tünetek jelentkeztek nála, 1865. augusztus 13-án egy bécsi ideggyógyintézetben halt meg az akkor jellemző durva bánásmód következtében kapott csontvelőgyulladásból eredő szepszisben, vagyis vérmérgezésben, amelynek kóroktanát felfedezte. Már nem érte meg, hogy az antiszepszis elve előbb Londonban az elsőségét elismerő Lister, majd Pasteur révén Párizsban, végül a bécsi orvosok körében is diadalmaskodott.