A Finn Akadémia tudósai új számítási módszereket fejlesztettek ki, melyek lényegesen gyarapították ismereteinket a kórházban szerzett baktériumok terjedéséről és fejlődéséről. Ezek az módszerek, melyek randomizált algoritmusokon alapulnak, lehetővé teszik, hogy gyorsabban és hatékonyabban elemezzük a nagymennyiségű genetikai adatot, mint korábban. Az új eredmények birtokában lehetővé vált, hogy jobban kövessük a kórházi fertőzéseket, javítva az ellenük folyó harc sikerének esélyeit. Az új módszerek segítségével modelleket dolgoznak ki a baktériumok és vírusok evolúciójára. "Alapvető tényező a kórházban szerzett fertőzések esetében az okozó baktérium evolúciójában a vízszintes géntranszfer. Ez azt jelenti, hogy számos különböző sejtfolyamat gének transzportál az azonos és különböző fajok leszármazásai vonalainak egyedei között, így a baktériumok rezisztenssé válnak az antibiotikumokkal szemben, és a virulencia faktor gyorsan terjed a populációban ", magyarázza Jukka Corander professzor, csoportvezető. Ez az úgynevezett bakteriális rekombináció sokkal bonyolultabbá teszi az evolúciós analízis elvégzését. A Harvard Egyetem és a Wellcome Trust Sanger Institute kutatóival közösen kifejlesztett intelligens randomizált algoritmusok éppen ezt könnyítik meg, olyannyira, hogy az elemzés valós idejű lehet, míg a korábbi, leggyakrabban használt számítási módszerekkel a munka több hónapig is eltarthatott. A kidolgozott módszereket a közelmúltban alkalmazták egy nemzetközi tanulmányban. Kiderült, hogy az MRSA baktériumok (pl. methicillin-rezisztens Staphylococcus aureus törzsek) genetikai variációjának több mint a fele horizontális gén-transzferrel jön létre. "A vizsgálati eredmények alapján képesek vagyunk előzetes becsléseket tenni abban az esetben, ha egy bizonyos MRSA baktérium törzs belép egy országba, és elkezd terjedni a kórházakban. Ez az első alkalom, hogy sikerült bizonyítani, hogy a horizontális genetikai variáció és a mutációs genetikai változás kölcsönhatása jelentősen eltérhet különböző földrajzi helyeken, sőt, még az egyes kórházak esetében is," mondja Corander. Az MRSA egy világszerte elterjedt baktérium, amely különösen kellemetlen a kórházakban. Ellenáll a legtöbb antibiotikumnak, és évente több tízezer ember halálát okozza egyedül az USA-ban. Óvatos becslések szerint az MRSA fertőzések éves költsége több milliárd dollár. Szemlézte: elitmed.hu, Kolin Péter Forrás: https://www.ehealthnews.eu/