Klinikai Onkológia

Az új generációs szekvenálás szerepe a klinikai onkológiában

KOTMAYER Lili1,2, BÖDÖR Csaba1,2

2021. JÚNIUS 30.

Klinikai Onkológia - 2021;8(2)

Az új generációs szekvenálás megjelenése az elmúlt évtizedben az onkológiai entitások molekuláris hátterének részletes megismeréséhez vezetett. A technológiai fejlődéssel párhuzamosan új célzott terápiás lehetőségek váltak elérhetővé az onkológiai betegek számára. A folyamat eredményeképpen a molekuláris diagnosztikai vizsgálatok, a prediktív biomarkerek vizsgálatának köszönhetően, mára a precíziós medicina alappillérévé váltak. A klasszikus monogénes vizsgálatok mellett az elmúlt években előtérbe kerültek a célzott terápiatervezést támogató, új generációs szekvenáláson alapuló multigénes genetikai vizsgálatok. Közleményünkben a multigénes új generációs szekvenálás alkalmazása és az eredmények interpretációja kapcsán felmerülő legfontosabb szakmai szempontokat tekintjük át.

AFFILIÁCIÓK

  1. HCEMM-SE Molekuláris Onkohematológia Kutatócsoport, Budapest
  2. I. Sz. Patológiai és Kísérleti Rákkutató Intézet, Semmelweis Egyetem, Budapest

HOZZÁSZÓLÁSOK

0 hozzászólás

A kiadvány további cikkei

Klinikai Onkológia

A pancreascarcinoma preoperatív kezelésének átformálása a precíziós medicina korában

CASOLINO R, BRACONI C, MALLEO G, PAIELLA S, BASSI G, MILELLA M, DREYER S B, FROELING FE M, CHANG D K, BIANKIN A V, GOLAN T

Ez az áttekintés összefoglalja a pancreascarcinoma preoperatív kezelési stratégiáira vonatkozó legújabb bizonyítékokat, és a nem metasztatizáló betegség esetén tárgyalja a személyre szabott terápiás módszer mielőbbi bevezetésének szükségességét és észszerű magyarázatát. A pancreascarcinoma molekuláris diverzitása, és annak a prognózisra és a terápiás válaszra gyakorolt hatása, kombinálva az „összes ígéretes új szerrel” végzett kezelések sikertelenségével, jelentős hatást gyakorol a betegség lefolyására, ami paradigmaváltást tesz szükségessé a genomika által irányított megközelítés felé. Ez különösen fontos a preoperatív, potenciálisan gyógyítható esetekben, ahol a személyre szabott kezelés megválasztásában jelentős potenciál rejlik, ami csökkenti a hasnyálmirigyrák mortalitását.

Klinikai Onkológia

EMDR-terápia az onkológiai páciensek kezelésében

HAVELKA Judit

Egy olyan, életet veszélyeztető betegség diagnózisa és kezelése, mint a rák, nagymértékű fizikai és pszichológiai stressznek teszi ki a betegeket, és a legtöbb ember számára traumatikus élményt jelenthet, amelynek következtében kialakuló tünetegyüttes a poszttraumás stressz zavar (PTSD). Az életveszélyes betegségnek való kitettség traumatikus élményt jelenthet, amely onkológiai PTSD kialakulásához vezethet. A megélt traumatikus élmény okozta stressz hatására a neurobiológiai rendszerek abnormális adaptációja következik be, ezenkívül gyakran olyan speciális egyéni faktorok is szerepet játszanak a PTSD-tünetek kialakulásában, mint a korábbi traumák, illetve negatív életesemények. Az onkológia olyan szakterülete a gyógyításnak, ahol nagy szükség van pszichológiai eszközökre, amelyekkel a rákkal kapcsolatos stresszorokat kezelni lehet. A szemmozgásokkal való deszenzitizálás és újrafeldolgozás (EMDR-) terápia ebben nagy segítséget jelenthet, mivel az adaptív információ újrafeldolgozása elősegítheti a veleszületett öngyógyító képesség kiváltását és az immunrendszer természetes gyógyulási folyamatát. Az onkológiai betegekkel végzett EMDR-terápiás beavatkozás célja a pszichés egyensúly helyreállítása, a rezilienciatényezők megerősítése és a betegséggel kapcsolatos traumatikus élmények feldolgozásának lehetővé tétele.

Klinikai Onkológia

Sugárterápia indukálta másodlagos daganatok

VALIKOVICS Anikó, FEKETE Gábor, SZABÓ Imre, BOLOBÁS Gábor, SEBŐK Gábriel, RÉVÉSZ János

Az onkológiai kezelések szerves részét képezi a sugárterápia, amiben a betegek közel fele részesül. A modern onkológiai kezeléseknek köszönhetően a túlélés egyre hosszabb, így a betegek körülbelül egyötöde megéli azt is, hogy egy második tumor kialakuljon. Több tanulmány szerint maga az onkológiai kezelés is összefüggésbe hozható a másodlagos primer tumor kialakulásával, ami egyes becslések szerint az esetek 5-8%-ában lehet a sugárterápia következménye. Nagy kihívást jelent, hogy megértsük a sugárterápia okozta hatásokat az esetlegesen túlélő daganatsejtekben, a daganatot körülölelő egészséges szövetekben, az alacsony dózisban részesült területekben, illetve az egyáltalán nem irradiált szövetekben, ahol abszkopális hatások érvényesülhetnek. Ezek együttes hatása tehető felelőssé az úgynevezett radiokarcinogenezis kialakulásáért. Manapság számos tanulmány foglalkozik a sugárterápia daganatindukáló hatásaival. Ez az összefoglaló arra hivatott, hogy áttekintse a témával kapcsolatos ismereteinket a patogenezis, radiogenomikai, sugárfizikai és sugárbiológiai szempontok alapján, továbbá tárgyalja a megelőzés és a szűrés lehetőségeit. A sugárterápia kétélű fegyver, amely egyrészt nagyon jól alkalmazható a daganatos betegségek kuratív kezelésében, másrészt azonban potencionálisan másodlagos daganatot indukálhat, amely évekkel később jelentkezik. Emiatt a jövőben a maximálisan optimalizált, személyre szabott sugárterápiának lehet csak létjogosultsága.

Klinikai Onkológia

A mellékvesekéreg-elégtelenség jelentősége az onkológiai betegellátásban

IGAZ Péter

A mellékvesekéreg-elégtelenség jelentősége összetett az onkológiai ellátásban. Egyrészt mellékvesekéreg-elégtelenségben szenvedő betegekben kialakulhat rosszindulatú daganat, ami kezelést igényel, másrészről rosszindulatú daganat következtében, illetve annak kezelése nyomán is kialakulhat mellékvesekéreg-elégtelenség. Az onkológiai betegség progressziója során a mellékvese kétoldali áttétje vagy, nagyon ritkán, a hypophysis áttéte vezethet mellékvesekéreg-elégtelenséghez. Az onkológiai kezelés során alkalmazott új immun-checkpoint-gátlók, opioidok és a tartós glükokortikoidkezelés is mellékvesekéreg-elégtelenséget okozhatnak. A mellékvesekéreg-elégtelenség felismerése, illetve kezelésének ismerete fontos, hiszen a kezelés elmaradása súlyos, akár fatális következményekkel is járhat. Ezen összefoglaló cikkben e klinikailag fontos területeket mutatom be.

Klinikai Onkológia

Mikroszatelliták mint a genom „szeizmográfjai”

SÜKÖSD Farkas

A genetikai állomány fehérjét nem kódoló, monotonon ismétlődő, 1–6 nukleotidot tartalmazó szakaszain, a mikroszatellitákon a DNS-kettőződésért felelős polimerázok könnyen hibáznak. Így azok rövidülnek vagy hosszabbak lesznek. Ha az ilyen típusú DNS-hibákat javító enzimek működőképesek, a mutációk kijavítódnak. Ha nem, akkor különböző hosszúságú szakaszokként, instabil formában adódnak át az utódsejtekbe. Nemcsak korán jelzik a fokozott mutációs hajlamot, hanem önmagukban is, keretleolva­sási problémát okozva, továbbiakat generálnak. Következésképpen a mikroszatellita-instabil (MSI) daganatok nagyobb arányban fejeznek ki idegen antigéneket, mint ezen eltérést nem mutatók, ami a tumorellenes immunválasz fokozott hatékonyságát valószínűsíti. Az MSI tehát nemcsak a genetikai instabilitásra, hanem az immunellenőrzőpont-gátló szerek hatásosságára is utal. Jelenlétét lehet közvetlenül, nukleotidfelbontási szintű PCR-alapú eljárással vagy közvetve, a hibajavító fehérjék kimutatásával, immunhisztokémiával vizsgálni, de ma már új generációs szekvenálási adatokból és mesterséges intelligencia képi elemzésből is kinyerhetők ilyen információk. Az MSI-meghatározás módszertanát és klinikai jelentőségét foglaljuk össze.

Lapszám összes cikke

Kapcsolódó anyagok

Klinikai Onkológia

Az amerikai klinikai onkológiai társaság 2019. Évi Kongresszusának legfontosabb újdonságai

ANDRÁS Csilla, BÉGÁNYI Nóra, DEMETER Gyula, HARISI Revekka, HIDEGHÉTY Katalin, LAKATOS Gábor, MARÁZ Anikó, NIKOLÉNYI Aliz, OLÁH Judit, OSTOROS Gyula, PETÁK István, RÉVÉSZ János, SIPŐCZ István, SZENTMÁRTONI Gyöngyvér, TÍMÁR József, TORDAY László, VAJDICS Tímea

Az „Education Section” egyik nagy érdeklődésre számot tartó szekciója a DDR: the DNA response revolution volt (1). A korszerű új generációs teljesgenom-szekvenálások révén nemcsak a daganatok „driver” génjeiről kapunk információt, hanem lehetőséget adnak arra is, hogy a karcinogenezis szempontjából alapvető etiológiai faktorokat is azonosítsuk, mivel ezek ott hagyják újlenyomataikat az emberi genomban (lásd például az UV- vagy a dohányzásindukált báziscseréket). Ebből a szempontból fontos megfi gyelés az, hogy a tüdőrákokban egyértelműen azonosítható az arzén okozta génhibatípus elsősorban a nemdohányzókban.

Klinikai Onkológia

A mesterséges intelligencia szerepe a precíziós medicinában

MESKÓ Bertalan

A gyakorló orvoslás lényege, hogy a lehető legtöbb adatot tudjunk meg a beteg állapotáról, és ezek alapján döntsünk. Az orvosnak bíznia kell a saját gyakorlatában, ítélőképességében és a problémamegoldó képességében, mivel csak kezdetleges eszközök és korlátozott lehetőségek állnak rendelkezésére. A digitális egészségnek nevezett kulturális átalakulással a „disruptive” technológiák révén fejlett módszerek keletkeztek, amelyek nemcsak a professzionális személyzet, hanem a betegek számára is hozzáférhetőek. Ezek a technológiák, mint a genomika, a biotechnológia, a betegek által hordható szenzorok vagy a mesterséges intelligencia (AI) fokozatosan három fontos irányba vezettek. Az egyik a beteg meggyógyítása, a második a részletes elemzéshez szükséges adatok beszerzése és a harmadik a precíziós orvoslás alapjainak megteremtése. A gyógyítás rohamos fejlődése ellenére a betegek néhány azonos fizikai jellemzőjére alapozva még mindig ugyanolyan orvosi döntések születtek, de az orvoslás végül a prevenció, a perszonalizáció és a precízió felé mozdult el. Ebben az irányváltásban és kulturális átalakításban az AI-technológia a mindennapi gyakorlatban alkalmazható kulcsszerepet tölt be.

Ideggyógyászati Szemle

A szkizofrénia multilókusz genetikai vizsgálata az idegfejlődés és az immunrendszer zavarának oki szerepére utal(hat)

PULAY Attila József, KOLLER Júlia, NAGY László, MOLNÁR Mária Judit, RÉTHELYI János

Háttér - A szkizofrénia multifaktoriális, csak részlegesen ismert etiológiájú pszichiátriai zavar, melyet magas heritabilitás (örökletesség) és genetikai heterogenitás jellemez. A multilókusz genetikai vizsgálatok csökkenthetik a heterogenitás hatását, javítva a vizsgálatok közötti replikáció esélyét. Célkitűzés - Vizsgálatunkat kettős céllal végeztük: 1. Megvizsgáltuk a rendelkezésünkre álló mintákban a szkizofrénia genetikai hátterét multilókusz-asszociációs tesztekkel, valamint 2. meghatároztuk a multilókusztesztek replikációs valószínűségét, eltérő szerkezetű mintákat alkalmazva. A vizsgálat alanyai - Explorációs minta: DSM-IV szerint szkizofréniával diagnosztizált betegekből és egészséges szüleikből álló triók (n=16), replikációs minta: szkizofrén betegek és egészséges alanyok eset-kontroll mintája (n=5337). Módszerek - Kétlépcsős elemzésünkben az egyedi polimorfizmusok asszociációjából a régióalapú gén- és génszett-asszociációt, feldúsulást és funkcionális annotációs klaszterek feldúsulását elemeztük. Az explorációs minta p<0,1 asszociációit teszteltük a replikációs mintán, a replikációt többszörös összehasonlításra korrigáltuk. Eredmények - A génalapú tesztek és a kanonikus útvonaltesztek közül nem találtunk p-érték-korrekció után is szignifikáns asszociációt. A pozicionális génszettek közül 14q31, 5q31 és Xq13 szegmensek esetén korrekció után is szignifikáns asszociációt, illetve feldúsulást észleltünk (p_corr: 0,002, 0,006 és 0,048). A funkcionális annotációs klaszterelemzésben a splicing/alternatív splicing, idegfejlődés és embrionális fejlődés klaszterei bizonyultak korrekció után is szignifikánsnak. A szignifikáns replikációk valószínűsége a teszt összetettségével javult (P_rep: 0, 0,015, 0,21). Következtetés - Multilókusz genetikai elemzésünk megerősítette az idegfejlődés, szinaptikus plaszticitás és immunrendszer érintettségét a szkizofréniában. A multilókuszmódszerekkel növelhető a replikáció valószínűsége, még jelentősen eltérő minták esetében is.

Klinikai Onkológia

Petefészekrákban szenvedő betegek nem sebészi kezelése

PIKÓ Béla, LACZÓ Ibolya,, MARIK László

A petefészekrákban szenvedő betegek kezelésében alapvető a kellően radikális műtét, amely az egyéb módszerek eredményességét is meghatározza. Az ezt követően, egy ülésben végzett hyperthermiás intraperitonealis kemoterápia 40,5–42,5 Celsius-fokos citosztatikus oldat perfúziójával történik. A szisztémás kezelések megválasztásában a hat hónapos progressziómentesség a mérföldkő, ezentúl platinaszenzitív, ezen belül -refrakter vagy -rezisztens betegségről van szó. A citosztatikus kezelés fejlődése az alkilálószerektől a platinaszármazékokon át a paklitaxel alkalmazásáig terjed, különféle kombinációkkal, egyre jobb eredményekkel és mind kevesebb mellékhatással. A célzott terápiában az érújdonképződés-gátlók (főleg a bevacizumab) és a DNS-hibák javítását megakadályozó, PARP-gátlók a legjelentősebbek; ez utóbbiak esetében általában a platinaérzékenység feltétel, míg a BRCA-mutáció már nem mindig követelmény. Az utóbbi időben az immunterápiával kapcsolatban is ígéretes vizsgálatok folynak. A hormonkezelés fő előnye a jó tolerálhatóság. A gyógyszerek alkalmazásának sikerei mellett visszaszorulni látszik a sugárterápia, pedig a teljes peritonealis felszín ellátása – különösen a korszerű besugárzási technikák alkalmazása mellett – a kemoterápia alternatívája lehet, a palliatív irradiáció pedig a tünetek csökkentése mellett a gyógyszermentes időszakot is megnyújthatja, s a kombinálás lehetőségei további távlatokat nyitnak meg.

Klinikai Onkológia

A pancreascarcinoma preoperatív kezelésének átformálása a precíziós medicina korában

CASOLINO R, BRACONI C, MALLEO G, PAIELLA S, BASSI G, MILELLA M, DREYER S B, FROELING FE M, CHANG D K, BIANKIN A V, GOLAN T

Ez az áttekintés összefoglalja a pancreascarcinoma preoperatív kezelési stratégiáira vonatkozó legújabb bizonyítékokat, és a nem metasztatizáló betegség esetén tárgyalja a személyre szabott terápiás módszer mielőbbi bevezetésének szükségességét és észszerű magyarázatát. A pancreascarcinoma molekuláris diverzitása, és annak a prognózisra és a terápiás válaszra gyakorolt hatása, kombinálva az „összes ígéretes új szerrel” végzett kezelések sikertelenségével, jelentős hatást gyakorol a betegség lefolyására, ami paradigmaváltást tesz szükségessé a genomika által irányított megközelítés felé. Ez különösen fontos a preoperatív, potenciálisan gyógyítható esetekben, ahol a személyre szabott kezelés megválasztásában jelentős potenciál rejlik, ami csökkenti a hasnyálmirigyrák mortalitását.