1902. január 9-én született Aragóniában, a Huesca tartománybeli Barbastróban. Katolikus családban nevelkedett, már fiatalon elkötelezett hívővé vált. Teológiai tanulmányait az észak-spanyolországi Logronói, majd a zaragozai San Franciscode Paula Szemináriumban folytatta. Párhuzamosan polgárjogot is hallgatott a zaragozai egyetemen. 1924-ben diakónussá, 1925-ben pappá szentelték.

Lelkészi munkáját a zaragozai egyházmegyéhez tartozó perdiguerai plébánián kezdte, majd Zaragozában folytatta. 1927-ben Madridba költözött, a külváros szegényei, a kórházak gyógyíthatatlan betegei, haldoklói között szolgált. Káplánnak nevezték ki a Betegek Patronátusában, emellett professzor volt az egyetemi akadémián, valamint polgárjogi doktori tanulmányait végezte.

1928-ban alapította meg félig egyházi, félig világi jellegű szervezetét, az Opus Dei (Isten műve) lelkiségi mozgalmat azzal a szándékkal, hogy Isten rábízott küldetését teljesítse, az embereket Istenhez vezesse. 1934-ben nevezték ki a Szent Erzsébet Patronátus (Patronato de Santa Isabel) rektorává. A spanyol polgárháború idején élete kockáztatásával is gyakorolta papi szolgálatát Madridban, később Burgosban. 1943-ban hozta létre a Szent Kereszt Papi Társaságot, amely lehetővé tette, hogy az egyházmegyékben működő papok is részesülhessenek az Opus Dei szellemiségéből.

1946-ban Rómába költözött, innen irányította szervezetét, oktatta tagjait. 1948-ban a férfiak kiképzésére szolgáló Szent Kereszt Római Kollégium építését, majd 1953-ban a Santa Maria Római Kollégium, a női tagozat megszervezését kezdte el. Tanácsadóként részt vett a Kánonjogi Kódexet Hitelesen Magyarázó Pápai Bizottság és a Szemináriumok és Egyetemek Szent Kongregációjának munkájában. A tiszteletbeli pápai prelátus és a Pápai Római Akadémia tagja, valamint a spanyol Navarrai Egyetem, illetve a perui Piurai Egyetem nagykancellárja volt.

Az általa alapított mozgalom a hatvanas években már az egész világra kiterjedő szervezetként működött, 1975-ben pedig már 80 országban volt jelen több mint 60 ezer taggal.

Az Opus Dei intézményesítését a Szentszéknél azonban többszöri próbálkozásra sem tudta elérni, bár az mind teológiai, mind egyházjogi szempontból a későbbi II. vatikáni zsinat (1962-1965) tanítása alapján állt. Sőt, annak lényeges tantételét - szolgálni Istennek, embernek, a világnak és tanúságot tenni Krisztusról - évtizedekkel megelőzte. Ezért is ütközött ellenállásba a Vatikánban, megítélése csak II. János Pál pápa idején változott. Ő emelte az Opus Deit 1982-ben személyi prelatúrává, vagyis olyan hivatalos egyházi fennhatósággá, amelynek feladata az egyház evangelizációs küldetésében való részvétel.

Josemaria Balaguer-t II. János Pál pápa 1992-ben boldoggá, 2002-ben szentté avatta. Emléknapját halála napján, június 26-án tartják. Földi maradványai Rómában, az Opus Dei prelatúrájának székhelyén, a Béke Királynőjének szentelt templom oltárában nyugszanak, amely ma már zarándokhely.